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原创 【上新啦】Hiplot上架基因组可视化IGV网页版工具,省去安装,使用更便捷!

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简介为了促进国产化计算工具的发展,完善我们国家自己的生物信息生态圈,我们在去年11月发布了Hiplot Pro生物医学可视化及大数据分析平...

原标题:【上新啦】Hiplot上架基因组可视化IGV网页版工具,省去安装,使用更便捷!

前言
IGV是一种高性能可视化工具,用于交互式探索大型综合基因组数据集。它支持各种数据类型,包括基于芯片测序、二代测序和基因组注释数据等,可以帮助用户对分析结果中的相关文件在可视化的条件下进行浏览分析。
Hiplot官网正式上线网页版IGV工具,赶快去试试吧!
网址:https://hiplot.com.cn

IGV网页版简介

IGV(Integrative Genomics Viewer交互式基因组浏览器)是一个强大的基因组可视化工具,可以交互式的查看大多数的基因组相关数据,并且支持多种NGS测序数据类型。

IGV可展示测序数据包括:

  • WGS/WES;
  • WGBS;
  • RNA-seq;
  • ChIP-seq;
  • ATAC-seq;
  • ChIA-PET;
  • ......

IGV目前支持的格式包括:

  • 序列比对:bam,cram
  • 基因组注释:bed, gtf, gff3, psl, bigbed
  • 信号数据:wig, bedgraph, bigwig, tdf
  • 拷贝数:seg
  • ......

在大多数NGS数据分析中都会涉及到分析数据的可视化展示,IGV无疑为我们提供了一个便利的可视化途径。IGV不仅提供了基于Java的本地版集成工具,还可以定制化的构建web版的IGV Browser,方便地存储并展示个人的专属数据。

近日,Hiplot正式上架IGV网页版工具,供大家免费使用!赶快去试试看吧~

2.IGV使用教程

进入Hiplot官方网站(网址:https://hiplot.com.cn),点击【云工具】模块。

侧边栏【绘图工具】,其功能类包含:动态交互、关系图类、面积图类、散点图类、折线图类、柱状图类、shiny工具、面积图类多种类型工具。在这里我们选择【shiny】工具,就可以找到IGV网页版工具啦

也可以直接输入该工具对应的网址直达:

https://hiplot.com.cn/cloud-tool/drawing-tool/link/667

3.数据可视化

01.选择参考基因组

点击【Genome】菜单栏选择参考基因组,或上传本地个人参考基因组。

02.选择可视化的Tracks

点击【Tracks】菜单栏选择可视化track,或上传本地个人测序track信息。

03.更改Track属性

点击Track右侧的【齿轮】按钮,更改Track的属性。

04.选择可视化的基因或区域

在【搜索框内】输入自己感兴趣的基因或区域进行可视化展示。

05.展示可视化示例

点击【Session】菜单栏,选择可视化示例。

点击【Circular View】菜单栏,展示基因组圈图信息。

点击【Circular View】菜单栏,展示基因组圈图信息,修改track属性添加互作信息。

好啦,今天我们就先介绍到这里,更多功能的使用,一起去Hiplot官网探索吧~

网址:https://hiplot.com.cn

致谢:Hiplot在此特别感谢开发者“Davey1220”(董炜老师,中山大学)申请入驻Hiplot开发者,感谢您在Hiplot上架开源的网页版IGV科研工具。您的公益行动展示了卓越的开发能力,推动了开源生物信息项目的成长,助力了中国科研界生物信息生态圈的构建。

在此,我们也呼吁越来越多有实力的开发者入驻Hiplot,我们一起打造出以开源化理念为主导的计算平台。

构建开源化平台,全力支持国产计算工具

近几年来,中国科研人员发布的生物医学相关计算工具日渐增多,一些知名工具甚至在国际科研界也是享有名气,但是相较于国外知名机构,诸如Broad Institute这种生信研究的殿堂,我们还有太远太远的路要追赶。

为了促进国产化计算工具的发展,完善我们国家自己的生物信息生态圈,我们在去年11月发布了Hiplot Pro生物医学可视化及大数据分析平台(https://hiplot.com.cn),网站自发布一来,20天突破1万用户,2个月突破百万人次访问,目前日访问量3.5万人次。在大家的热度不断增加的同时,我们也在不断思考,如何才能突破科研合作的桎梏,打造出以开源化理念为主导的计算平台,在真正意义上为中国科研界构建一个完善的生物信息生态圈。

我们一直说,我们甘做“为众人负薪者”,为了孵育和推动开源生物信息项目的成长,Hiplot在此郑重推出开源项目支持计划!

凡满足以下条件者均可申请:

  1. 理解并拥护开源精神,非商业公司/团体现职;
  2. 具有一定的生物信息工具开发能力;
  3. 曾有工具开发经验或已有工具发表者优先;

申请通过者,可获得Hiplot提供的以下资源:

  1. 32vCPU,256G内存,10T存储高性能服务器1年使用权限,为自己节约15.6万;
  2. Hiplot官网(https://hiplot.com.cn)百万流量引流孵育;
  3. 科研猫自媒体矩阵(15万垂直化粉丝)头条文章及直播推广;
  4. 线下开发者大会(2023年6月,筹)入场券及主展台广告位;
  5. 准入Hiplot开发者社区(国内生信领域高端玩家),构建自己的朋友圈;

申请方法:

  1. 方式一:
  2. 电脑网页进入https://hiplot.com.cn/cloud-tool/workbench/developer,微信登录后,提交个人简历,注册成为开发者,请完善个人真实信息。
  3. 方式二:
  4. 进入Hiplot官网(https://hiplot.com.cn)登录后,点击“云工具”-“开发者工作台”,申请成为开发者。

更加美好,更加宏大的未来在等待着我们去建设,“人人为我,我为人人”,早点加入我们的行列吧。返回搜狐,查看更多

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